انجمن بیماری های عفونی آمریکا (IDSA) دستورالعمل های 2001 خود را درباره تشخیص و مدیریت اسهال عفونی در یک شماره اخیر بیماری های عفونی بالینی منتشر نمود. برای اولین بار، این دستورالعمل ها شامل توصیه ها و اخطارهایی درباره استفاده از پنل های ملکولی جدید می شدند که تعداد زیادی از میکروب های ایجاد کننده بیماری را به صورت همزمان مورد آزمایش قرار می دادند. این پنل ها ماده ژنتیکی (DNA، RNA) باکتری ها، سموم، ویروس ها و انگل ها را مورد شناسایی قرار میدهند که نسبت به آزمایشات سنتی مانند کشت، حساس تر می باشند.

اسهال یک نشانه شایع بیماری دستگاه گوارش می باشد. این بیماری معمولاً بدون درمان خاصی برطرف می شود اما اسهال حاد شدید و اسهالی که به مدت چندین هفته طول می کشد، بویژه برای بچه های بسیار کوچک و سالخوردگان می تواند خطرناک بوده و باعث دهیدراسیون و یا سوء تغذیه شود. هرچند، عوامل غیر عفونی برای اسهال وجود دارند، این بیماری اغلب بر اثر عفونت با انواع باکتری ها، ویروس ها و انگل ها ایجاد می شود. اسهال عفونی یک مشکل مهم برای سلامتی بوده که هر ساله منجر به 500000 بستری و بیش از 5000 مورد مرگ در ایالات متحده می گردد.

بر اساس دستورالعمل ها، بیشتر موارد اسهال در افراد سالم با سیستم ایمنی نرمال نیاز به تست های آزمایشگاهی ندارند. مواردی که انجام تست های آزمایشگاهی را می طلبند شامل اسهال به همراه تب، مدفوع خونی یا با مخاط، گرفتگی و درد شکمی شدید یا علائم گندخونی (سپتیسمی) هستند. همچنین در صورت شیوع اسهال عفونی و در افراد دارای نقص در سیستم ایمنی نیز آزمایش توصیه می گردد.

آزمایشات سنتی برای اسهال عفونی متکی بر تست هایی هستند که نیاز به صرف زمان و نیروی کار بسیار، برای شناسایی میکروب مسئول بیماری و بررسی میکروسکوپیک انگل ها دارند، مانند کشت مدفوع. اگرچه، پنل های ملکولی می توانند برای انواع عوامل بیماری زای مختلف در یک نمونه بیمار واحد، بدون صرف زمان و تلاش لازم برای رشد میکروب ها در کشت، به صورت همزمان آزمایش انجام دهند. این پنل از انواع آزمایشات "آزمایشات تشخیصی مستقل از کشت" یا CIDTs نامیده می شوند.

نتایج سریع پنل های مولکولی می توانند به پزشکان در تمایز سریع موارد اسهال که نیاز به دخالت پزشکی دارند، نظیر درمان با آنتی بیوتیک ها، از مواردی که نیاز به این اعمال ندارند، کمک کنند. CIDTs همچنین می توانند زمان لازم برای شناسایی عامل شیوع و انجام قرنطینه برای عفونت های خاصی را کوتاه کنند. به دلیل اینکه تست های مولکولی حساس تر هستند - می توانند میکروب هایی را که به تعداد بسیار کم وجود دارند تشخیص دهند - می توانند نسبت به کشت های سنتی، موارد بیشتری از اسهال عفونی را شناسایی کنند. اینها همچنین قابلیت کمک به شناسایی علل شیوع مانند ویروس ها را دارند که در آنها آزمایشات روتین علت اسهال را شناسایی نکرده اند.

اگرچه، محققین دستورالعمل های IDSA اخطار می دهند که به دلیل اینکه این CIDT ها ماده ژنتیکی میکروب ها را شناسایی می کنند، نمی توانند تشخیص دهند که آیا میکروب شناسایی شده زنده است و باعث بیماری حاضر شده است. نیاز است که پزشکان هنگام تفسیر نتایج و ارائه تشخیص، ملاحظات بالینی مانند علائم و نشانه های بیمار را نیز در نظر بگیرند.

با وجود تکامل CIDT های حساس، کشت مدفوع به عنوان تست های آزمایشگاهی مهم به قوت خود باقی است و دستورالعمل های IDSA، در صورت CIDT مثبت، انجام آزمایشات تکمیلی با کشت سنتی را در موارد خاص توصیه می کنند. هنگامی که آزمایشات حساسیت آنتی بیوتیکی لازم هستند، کشت برای کمک به تعیین درمان مناسب و تعقیب تغییرات در مقاومت آنتی بیوتیکی که در پاتوزن های مدفوع رخ می دهد، ضرورت پیدا می کند.

کشت ها همچنین برای تأئید موارد شیوع منشکوک نیز لازم می باشند. شناسایی بیشتر میکروب به آزمایشگاه های بهداشت عمومی اجازه می دهد تا یک سویه یا زیرگونه میکروبی خاص، الگوی مقاومت یا سایر خصوصیاتی که آن میکروب را به شیوع موجود ارتباط می دهند، شناسایی کنند. داشتن مشخصات منحصر عوامل بیماری زای ایجاد کننده اسهال عفونی به مقامات بهداشت عمومی اجازه می دهند تا شیوع های احتمالی در آینده را ردیابی و کنترل کنند.