برای تشخیص حضور باکتری‌های عامل بیماری (بیماری‌زا) و تشخیص عفونت دستگاه هاضمه (دستگاه گوارش،GI) از کشت مدفوع استفاده می‌شود. از آنجا که علل بسیاری برای عفونت‌های گوارشی وجود دارد، ممکن است کشت مدفوع در ارتباط با سایر آزمایشات مانند پانل پاتوژن‌های GI یا آزمایش تخم انگل و انگل (O & P) برای کمک به ایجاد تشخیص استفاده شود.
 

پانل پاتوژن‌های GI بر روی نمونه مدفوع برای آزمایش همزمان ویروس‌ها، باکتری‌ها و انگل‌هایی که علت شایع عفونت‌های گوارشی هستند، انجام می‌شود. این پانل‌ها نسبتا جدید هستند و آزمایشگاه‌ها و متخصصین مراقبت‌های بهداشتی هنوز تصمیم می‌گیرند که چگونه از آنها برای ارائه نتایج بهینه بیمار در حین مقرون به‌صرفه بودن استفاده کنند. اگر یک میکروب توسط پانل شناسایی نشده باشد و یا شک به باکتری‌ یا انگلی غیر از موارد موجود در پانل GI وجود داشته باشد، کشت مدفوع و O & P ممکن است انجام شود.

بسیاری از عفونت‌های گوارشی در ایالات متحده بدون درمان خاصی با مراقبت‌های حمایتی رفع می‌شوند و ممکن است نیازی به آزمایش نداشته باشند. در افرادی که سالم هستند، عفونت‌ها بیماری‌های رایجی هستند که جدی نیستند و گاهی اوقات با "مسمومیت غذایی" یا "آنفلوآنزای معده" اشتباه گرفته می‌شوند. با این‌حال، برای انجام آزمایشاتی که علت عفونت GI را شناسایی کنند - جهت درمان آن، حذف منبع آن و محدود کردن گسترش آن مواردی وجود دارد که انجام آن مفید است.

 آزمایشگاه‌ها معمولا از کشت مدفوع برای تشخیص و شناسایی شایع‌ترین باکتری‌های بیماری روده‌ای استفاده می‌کنند:

•  گونه‌های کمپیلوباکتر
•  گونه‌های سالمونلا
•  گونه‌های شیگلا

برخی از باکتری‌ها با تولید سم باعث بیماری می‌شوند. این باکتری‌ها ممکن است کشت شوند، اما بسیاری از آزمایشات مورد استفاده برای شناسایی آنها به تشخیص مستقیم سموم آنها توسط آزمایش PCR یا آنتی‌ژن اختصاص یافته است. مثال‌ها عبارتند از:

•  اشرشیاکلی O157: H7
•  کلستریدیوم دیفیسیل

بسته به تاریخچه پزشکی و یا مسافرت بیمار، آزمایشات دیگر پاتوژن‌ها یا پاتوژن‌های احتمالی ممکن است یکجا یا جداگانه باشد. برخی از این موارد عبارتند از:

• آئروموناس
• پلزیوموناس شیگلوییدس
• یرسینیا انتروکولیتیکا
•  گونه‌های ویبریو

کشت مدفوع ممکن است در زمانی که فرد علائم و نشانه‌های عفونت دستگاه گوارش را دارد تجویز شود، مانند:

• اسهال که بیش از چند روز طول می‌کشد و ممکن است حاوی خون و یا مخاط است
• درد و گرفتگی شکم
• تهوع، استفراغ
• تب

همه کسانی که این علائم را دارند، لزوما تست را انجام نمی‌دهند و یا درمان نمی‌شوند. در افرادی که سیستم ایمنی سالم دارند، این عفونت‌ها اغلب با مراقبت‌های حمایتی و بدون استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها رفع می‌شوند. کشت مدفوع احتمال بیشتری برای فرد تعیین می‌شود:

• دارای نشانه‌های شدید، کم‌آبی، عدم تعادل الکترولیتی و یا عوارض دیگر
• بسیار جوان، سالمند، یا دارای سیستم ایمنی ضعیف است. با توجه به مراکز کنترل و پیشگیری از بیماری (CDC)، اسهال یک قاتل جهانی است؛ دومین عامل مرگ و میر در کودکان زیر 5 سال در سراسر جهان است که روزانه حدود 2،195 کودک را به قتل می‌رساند.
• علائم و نشانه‌های طولانی مدت و یا عفونت‌هایی که بدون درمان حل نمی‌شوند
• بیماری در طول و پس از سفر خارج از ایالات متحده، به‌ویژه در کشورهای در حال توسعه؛ CDC تخمین می‌زند که 30 تا 70 درصد از کسانی که به خارج از ایالات متحده مسافرت می‌کنند، به عفونت GI (دستگاه گوارش) مبتلا می‌شوند.
• خوردن غذا یا نوشیدن مایعات که ممکن است با باکتری‌های بیماری‌زا آلوده شده باشند مانند گوشت نیم‌پز یا تخم‌مرغ خام یا غذای مشابهی که فرد آلوده تهیه کرده است.
• آیا بیماری و احتمال شیوع غذا یا آب جامعه پزشکی را وادار به تحقیق و شناسایی علت می‌کند، نمونه‌ها شامل محصولات آلوده، مواد غذایی آلوده از یک رستوران خاص و یا بیماری در یک کشتی کروز.

در زمانی‌که فردی عفونت باکتریایی بیماری‌زا را در دستگاه گوارش داشته است و یا برای آن درمان شده است یا خود به خود حل شده است، پزشک مراقبت‌های بهداشتی ممکن است یک یا چند کشت مدفوع را تجویز کند. ممکن است این آزمایش برای اطمینان از عدم تشخیص باکتری‌های بیماری‌زا انجام شود؛ زیرا در بعضی موارد ممکن است افراد حامل باکتری باشند. حاملان خود بیمار نیستند، اما می‌توانند دیگران را آلوده کنند.

اگر کشت مدفوع باکتری‌های بیماری‌زا مثبت باشد، احتمالا باعث اسهال و سایر علائم فرد می‌شود. نتایج اغلب با نام باکتری‌های بیماری‌زا شناسایی شده گزارش می‌شوند.

 برخی از رایج‌ترین باکتری‌های بیماری‌زا که باعث عفونت در ایالات متحده و منابع مواجهه با آن می‌شوند عبارتند از:

• کمپیلوباکتر - موجود در مرغ خام یا نیم‌پز و شیر غیر پاستوریزه؛ این یکی از شایع‌ترین علل اسهال باکتریایی در ایالات متحده است و ممکن است به‌علت گسترش آن به خون و حتی گاهی اوقات عوارض طولانی مدت مانند آرتریت و سندرم گیلن باره ایجاد شود.
• سالمونلا - در تخم‌مرغ‌های خام (حتی تخم‌مرغ ضد عفونی سالم)، مرغ خام، سبزیجات خام و خزندگان یافت می‌شود. حیوانات خانگی مانند مارمولک و لاک‌پشت ممکن است سالمونلا را در روده داشته باشند بدون اینکه خود بیمار شوند. برخی از انسان‌ها ممکن است حامل‌های سالمونلا باشند. سالمونلا ممکن است فرد به فرد منتقل شود.
•  شیگلا – به هنگام عدم رعایت بهداشت، غذا و آب آلوده به مدفوع یا از فرد آلوده به فرد دیگر منتقل می‌شود. به‌عنوان مثال، جلوگیری از گسترش شیگلا در یک خانواده و در یک مهدکودک یا خانه سالمندان بیسار مشکل است از آنجا که تعداد کمی از موجودات زنده ممکن است باعث بیماری شود.

 طیف گسترده‌ای از باکتری‌های دیگر ممکن است گاهی عفونت‌های گوارشی ایجاد کند و ممکن است با کشت مدفوع شناسایی شود. برخی از نمونه‌های مهم عبارتند از:

• اشرشیا کولی 0157: H7 و دیگر اشرشیا کولی تولیدکننده سم (اکثر نژاد‌های اشرشیا کولی فلور طبیعی هستند و باعث بیماری نمی‌شوند)- در همبرگر خام/ نیم‌پز/ گوشت گاو، اسفناج یا شراب سیب غیر پاستوریزه یافت می‌شوند؛ باعث اسهال خونی می‌شود و ممکن است منجر به سندرم اورمیک همولیتیک شود.
• کلستریدیوم دیفیسیل- ممکن است به‌عنوان بخشی از فلور طبیعی باشد، اما استفاده از آنتی‌بیوتیک‌های وسیع طیف می‌تواند منجر به رشد بیش از حد این باکتری‌ها شود. گونه‌های تولیدکننده سم می‌توانند اسهال و سایر عوارض جدی را ایجاد کنند. اگر این باکتری‌ها مشکوک به علت باشند، سپس آزمایش‌های جداگانه‌ای برای تشخیص کلستریدیوم دیفیسیل تولیدکننده سم انجام می‌شود.
   

 مثال‌های دیگر علل رایج دیگر عبارتند از:

• آئروموناس
• پلزیوموناس
• یرسینیا انتروکولیتیکا
• ویبریوکلرا و سایر گونه‌های ویبریو

برای اطلاعات بیشتر در مورد باکتری‌هایی که عفونت‌های دستگاه گوارش را ایجاد می‌کنند، مقالات اسهال، بیماری‌های آب و غذا و بیماری‌های مسافران را مطالعه کنید.
 

نتایج کشت‌های مدفوع که به‌عنوان منفی گزارش می‌شوند معمولا نشان‌دهنده این واقعیت است که کشت مدفوع برای شایع‌ترین پاتوژن‌ها در چند فواصل مورد بررسی قرار گرفت و هیچ یک از آنها یافت نشد (جدا شده). گزارش ممکن است بیان کند: "بدون کمپیلوباکتر جدا شده،" "بدون سالمونلا و یا شیگلا جدا شده" و غیره
 

اگر کشت برای پاتوژن‌های اصلی منفی باشد، احتمال دارد علائم و نشانه‌های فرد به علت دیگری یا به یک پاتوژن کمتر رایج باشد. همچنین ممکن است که باکتری‌های بیماری‌زا در دستگاه گوارش حضور داشته باشند، اما تعداد بسیار کمی از باکتری‌ در آن نمونه‌های مدفوع خاص وجود داشته باشند که قابل شناسایی نباشند. اگر متخصص مراقبت‌های بهداشتی معتقد باشد که چنین است و علائم ادامه یابد، کشت مدفوع در نمونه دیگر ممکن است تجویز شود و یا با سایر آزمایشات پیگیری شود.

 بیشترین بیماری اسهالی توسط یک پاتوژن ایجاد می‌شود، اما ممکن است عفونتی با بیش از یک عامل داشته باشد.

عفونت‌های باکتریایی پاتوژنیک دستگاه گوارش و کسانی که عوارض ایجاد می‌کنند ممکن است با آنتی‌بیوتیک‌ درمان شوند، اما بسیاری از موارد بدون عوارض بهترین درمان نشده‌اند. افراد دارای سیستم ایمنی سالم معمولا در عرض یک هفته یا بیشتر خود به خود بهبود می‌یابند. آنها در چگونگی جلوگیری از گسترش عفونت آموزش داده می‌شوند و برای علائمی مانند کم‌آبی بدن تحت درمان و نظارت قرار می‌گیرند.

عفونت‌های باکتریایی بیماری‌زا در یک جامعه و گاهی اوقات در سطح ملی نظارت می‌شود. به غیر از موارد مربوط به مسافرت‌های خارجی، مقامات بهداشتی سعی می‌کنند تعیین کنند که عفونت‌ها از کجا آمده است تا بتوانند به هر گونه نگرانی بهداشت عمومی توجه کنند. جدایی باکتریایی که باعث بیماری‌های غذایی می‌شوند، به آزمایشگاه‌های بهداشت عمومی دولتی ارسال می‌شود تا با روش‌های مولکولی نوع آنها مشخص شود. نتایج تعیین نوع به یک پایگاه داده ملی برای تشخیص شیوع بیماری‌های مشترک در سراسر ایالات متحده ارسال می‌شود. تعیین نوع به شناسایی غذاهای خاص یا محصولات غذایی منبع عفونت کمک می‌کند.

اسهال مسافرتی به‌طور معمول توسط اشرشیا کولی تولید کننده سم است که علت اصلی عفونت اسهال باکتریایی در بین مسافران آفریقا، آسیا و آمریکای لاتین است. با این‌حال، این گونه‌های اشرشیا کولی از نژادهای اشرشیا کولی تولید کننده سم توکسین (O157: H7)، که سبب بروز سندرم اورمیک همولیتیک می‌شود متفاوت است.

بهترین کارهایی که باید انجام دهید عدم مصرف آب و یا غذایی است که ممکن است آلوده باشد و پیگیری اقدامات بهداشتی مناسب مانند شستشوی کامل و مکرر دست‌ها است. غذاهایی که ممکن است آلوده باشند، مانند گوشت خام و تخم‌مرغ، باید کاملا پخته شود. غذاهای آماده و غذاهایی که خام مصرف می‌شوند نباید با سطوح آلوده تماس داشته باشند. هنگامی که به کشورهای در حال توسعه سفر می‌کنید بهتر است فقط آب بطری، نوشیدنی‌های گازدار و غذاهای داغ پخته شده مصرف کنید. از میوه‌ها و سبزیجات تازه، و از تماس پوستی اجتناب کنید. از محصولات لبنی غیر پاستوریزه اجتناب کنید. غذا از فروشندگان خیابانی به‌طور کلی امن نیست. اگر فردی در خانواده شما دارای عفونتی است که باعث اسهال می‌شود، تمام اعضای خانواده باید بادقت دست‌های خود را بشویند و فرد آلوده نباید غذا یا نوشیدنی برای دیگران آماده کند تا عفونت برطرف شود.